Le 5 octobre 1975, le père Jerzy Popiełuszko est muté à la paroisse de Notre-Dame Reine de Pologne à Anin, dans le sud-est de Varsovie. Il y exerce son ministère pastoral jusqu’en juin 1978.
Dès son arrivée à la paroisse Notre-Dame Reine de Pologne, il prend en charge l’enseignement du catéchisme. Il accompagne les enfants et les jeunes dans leur découverte de la foi. Jerzy Popiełuszko participe aussi à la vie de la paroisse. Très vite, les fidèles remarquent son engagement, sa simplicité et sa proximité.
Au fil des mois, le père Popiełuszko renforce son expérience dans l’enseignement religieux. Il insiste sur la transmission des valeurs de l’Évangile. Grâce à sa présence régulière, Jerzy consolide les liens avec la communauté paroissiale.
Cependant, une tension apparaît avec le curé de la paroisse Notre-Dame Reine de Pologne. Un désaccord pastoral surgit sur l’organisation et le fonctionnement de la mission. Par conséquent, la collaboration devient plus difficile.
Face à cette situation, le père Jerzy Popiełuszko demande un changement d’affectation. Il transmet alors sa requête aux autorités ecclésiastiques compétentes. Ensuite, une décision est prise pour répondre à sa demande. Il poursuit alors son ministère dans une autre mission pastorale.