Dans la paroisse de l’Enfant Jésus, située dans le quartier de Żoliborz à Varsovie, le père Popieluszko est aumônier des jeunes et s’occupe des servants de messe.
Dans cette paroisse de l’Enfant Jésus, il construit progressivement une relation de confiance avec les jeunes.. Par son écoute, sa simplicité et sa disponibilité, le père Jerzy gagne rapidement leur estime. Les familles et la communauté paroissiale reconnaissent son engagement pastoral.
En janvier 1979, le père Jerzy tombe gravement malade. Son état de santé se fragilise fortement. Les autorités ecclésiales lui interdisent alors toute activité pastorale. Une période de repos et de soins lui est imposée.
Après cette épreuve, une mission plus adaptée à son état de santé lui est attribuée. Une charge pastorale plus légère lui est attribuée. Il devient aumônier des étudiants à l’église Sainte Anne à Varsovie.
À l’église Sainte-Anne, un nouveau chapitre de son ministère s’ouvre. Les étudiants y bénéficient d’un accompagnement spirituel régulier. Des rencontres, des retraites et des temps de formation sont organisés. Malgré la maladie, il maintient un engagement constant au service des autres.
