Le père Jerzy Popiełuszko a exercé un ministère pastoral particulièrement attentif au monde de la santé et des professions médicales à l’église de Sainte-Anne.
Entre 1979 et 1980, il s’est investi dans l’accompagnement spirituel des étudiants en médecine.
Il a organisé pour eux des séminaires, des retraites et des camps de formation humaine et spirituelle.
Par son écoute et sa simplicité, le père Jerzy a su établir un lien de confiance avec les jeunes en formation à Sainte-Anne. Il les a aidés à concilier leur vocation professionnelle et leurs convictions spirituelles.
Il a également assuré la pastorale des infirmières à la chapelle de l’église Sainte-Anne à Warsaw.
Dans ce lieu de prière, il accompagnait celles qui étaient quotidiennement confrontées à la souffrance et à la maladie. Il leur apportait soutien, réconfort et encouragement dans leur mission auprès des patients.
En parallèle, il a siégé au Conseil pastoral du Service national de santé. Il a aussi exercé la fonction d’aumônier diocésain des communautés médicales au sein de l’archidiocèse de Warsaw.