Dans la paroisse de l’Enfant Jésus, dans le quartier de Zoliborz à Varsovie, il est aumônier des jeunes et s’occupe des servants de messe.
En janvier 1979, le père Jerzy tombe gravement malade. Les autorités ecclésiales lui interdisent d’exercer toute activité pastorale.
Le père Jerzy se voit octroyer une charge pastorale plus légère aumônier des étudiants à l’église Sainte Anne à Varsovie.
