Popieluszko dirigea des séminaires pour les étudiants en médecine, en organisant des retraites et des camps de retraite, et en prenant en charge la pastorale des infirmières à la chapelle de l’église de Sainte-Anne. Il a également siégé au Conseil pastoral du Service national de santé et a rempli la fonction d’aumônier diocésain des communautés médicales dans l’archidiocèse de Varsovie entre 1979-1980.
