Le vendredi 19 octobre 1984, après une célébration religieuse à Bydgoszcz, le père Jerzy Popiełuszko reprend la route vers Varsovie. Il voyage avec son chauffeur, Waldemar Chrostowski, qui l’accompagne régulièrement dans ses déplacements.

Alors que les deux hommes circulent près de Górsk, non loin de Toruń, une voiture leur barre soudainement la route. Les ravisseurs, des agents de la police politique communiste, se font passer pour des policiers afin de simuler un contrôle routier.

Les agents obligent les deux hommes à s’arrêter. Ensuite, ils font sortir le père Jerzy Popiełuszko de son véhicule et l’emmènent de force vers leur voiture.
Les ravisseurs frappent violemment le prêtre à la tête, puis lui attachent les mains et les pieds. Enfin, ils l’enferment dans le coffre de leur véhicule.

Pendant ce temps, les agents retiennent également son chauffeur, Waldemar Chrostowski. Cependant, celui-ci parvient à s’échapper et donne rapidement l’alerte. Grâce à cette fuite, les autorités apprennent la disparition du prêtre et les premières recherches commencent.

Malheureusement, le 30 octobre 1984, soit onze jours après son enlèvement, les autorités retrouvent le corps du père Jerzy Popiełuszko dans les eaux de la Vistule, près de Włocławek.

Cet assassinat, perpétré par des agents de la police politique du régime communiste polonais, provoque une profonde émotion en Pologne et dans le monde entier.